京芯一號育種芯片

 雞 50K SNP 分型芯片(京芯一號)由中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所與北京康普森生物技術有限公司聯合研制開發,是國內首款專門針對我國地方雞種設計的中高通量 SNP 分型芯片。

 

 

 芯片數據來源

1、重測序數據:對中外9 個雞種進行基因組重測序,獲得豐富的變異位點。

2、性狀相關SNP 數據:利用已有GWAS 等關聯分析研究結果,篩選飼料報酬、生長、肉質、胴體、抗病、繁殖等性狀的SNP 位點。

3、組學篩選獲得的差異表達功能基因:整合轉錄組測序、差異蛋白、互作蛋白篩選等研究,對主要功能基因及變異位點進行了篩選。

4、優選Affymetrix 600K 商業化芯片中的18K 位點,位點自主研發和已有信息有機結合。

 

 位點設計特點

1、優化設計:全基因組平均分布。

2、通用性:加入地方雞種特征性SNP; 引用商業化芯片18K 位點,確保互相 Imputation 。

3、有效性:20K 位點在有色羽和白羽等19 個中外雞種基因組中均勻分布。

4、功能性:14K 位點由GWAS 等研究鑒定獲得與飼料報酬、肉品質、一般免疫、繁殖等經濟性狀相關。

5、通量適中:在全基因組選擇育種實踐中應用性價比高。

 

Application scenario

芯片應用場景    

  • 保種育種應用 /Conservation breeding applications                    
                       
    基因組選擇
    種質資源鑒定
    親緣關系鑒定
  • 基礎科研 /Basic research                    
                       
    全基因組關聯分析(GWAS 分析)
    全基因組連鎖分析(QTL 分析)
    精細定位
    群體遺傳學分析(進化、馴養、遺傳多樣性)

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