KPS? 綿羊50K芯片

綿羊50K SNP 分型芯片由中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所聯合北京康普森生物技術有限公司開發,是一款中高通量SNP 分型芯片。利用illumina 平臺定制,包含中外17 個代表性綿羊物種的特征性SNP,共計47,564 個位點。

 

產品特點


KPS? 綿羊50K 芯片位點,均勻覆蓋羊全基因組,涵蓋重要性狀位點,包括如羊角、體重、肉質、繁殖和疾病等重要性狀等, 適用于基因的篩選和定位,可用于標記輔助育種。

 

?芯片數據來源


  • 重測序數據:涵蓋 17 個綿羊品種,共 221 個重測序樣本,其中我國地方品種 13 個,外國羊品種 4 個

  • 性狀相關SNP 數據:利用已有GWAS 等關聯分析研究結果,涵蓋羊角、體重、肉質、繁殖和疾病等經濟性狀的SNP 位點

  • 優選KPS Oar SNP 600K芯片位點設置為全基因組覆蓋位 點,合計選點18K

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 位點設計特點


  • 優化設計:全基因組平均分布

  • 通用性:加入重要性狀相關SNP 位點,并引入KPS Oar SNP 600K 芯片18K 位點,確保互相 Imputation

  • 差異性:種間和種內亞群差異位點(樣本分為 3 個類群, 蒙古羊群組、藏羊群組、 外國羊群組),合計選點 2.5K

  • 功能相關性:24K 位點與羊角、體重、肉質、繁殖和疾病 等經濟性狀相關

  • 通量適中:在全基因組選擇育種實踐中應用性價比高

 

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